Il sequenziamento dell’intero genoma potrebbe rivoluzionare la diagnostica medica attraverso la rapida identificazione degli alleli che causano la malattia.
Tuttavia, anche nei casi di semplici pattern di ereditarietà e diagnosi non-ambigua, la relazione tra fenotipi della malattia e loro corrispondenti cambiamenti genetici può essere complicata.
Un test diagnostico completo deve dunque identificare tutti i possibili cambiamenti a livello di DNA in ciascun aplotipo e determinare quali sono quelli responsabili della malattia.
L’elevato numero di mutazioni rare ed eterogenee presenti in tutti gli esseri umani e la scarsità delle varianti funzionali note in più del 90% dei geni annotati rendono particolarmente difficile questa sfida.
Di conseguenza, l’identificazione delle basi molecolari di una malattia genetica grazie all’analisi di sequenziamento dell’intero genoma resta incerta.
I Ricercatori del Baylor College of Medicine di Houston, negli Stati Uniti, hanno condotto uno studio allo scopo di valutare l’utilità del sequenziamento dell’intero genoma umano per la diagnosi genetica di pazienti con la sindrome di Charcot-Marie-Tooth.
È stata identificata una famiglia con la forma recessiva della sindrome di Charcot-Marie-Tooth per la quale le basi genetiche non erano state identificate.
I Ricercatori hanno sequenziato l’intero genoma del probando, identificato tutte le potenziali varianti funzionali in geni probabilmente legati alla malattia e compiuto un’analisi genotipica di queste varianti nei membri affetti della famiglia.
Sono stati identificati e validati alleli, causativi, eterozigoti, nel gene SH3TC2, che coinvolge 2 mutazioni, nel probando e nei membri della famiglia affetti da sindrome di Charcot-Marie-Tooth.
Le mutazioni eterozigote conferiscono suscettibilità alla neuropatia, inclusa la sindrome del tunnel carpale.
In conclusione, come mostrato in questo studio condotto su una famiglia con sindrome di Charcot-Marie-Tooth, il sequenziamento dell’intero genoma può identificare varianti cliniche rilevanti e fornire informazioni diagnostiche per il trattamento dei pazienti. ( Xagena2010 )
Lupski JR et al, N Engl J Med 2010; 362: 1181-1191
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